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El cacao (Theobroma cacao L.) es un cultivo que tiene una importancia económica y social significativa en Ecuador. Los clones de cacao como CCN-51, conocidos por su resistencia a enfermedades y alto rendimiento, se han establecido ampliamente en el país. Sin embargo, en enero de 2021, varias plantas de CCN-51 mostraron muerte regresiva y pudrición del fruto. Por lo tanto, este estudio se centró en identificar morfológica, molecular y patogénicamente el agente causal de estos síntomas en el cacao. Se obtuvieron dos aislados fúngicos (LT1A y LT2A) de mazorcas de cacao CCN-51 sintomáticas. Ambas cepas se caracterizaron mediante análisis morfológico (estructuras asimilativas y reproductivas asexuales), identificación molecular (utilizando marcadores ITS, EF1α y BTU) y pruebas de patogenicidad (inoculación de plántulas y mazorcas). La temperatura promedio para el crecimiento óptimo y la producción de picnidios para ambas cepas fue de 28 °C. El tamaño medio de los conidios fue de 25,2 x 13,7 μm. El análisis molecular identificó los aislados como Lasiodiplodia laeliocattleyae. Las pruebas de patogenicidad confirmaron que L. laeliocattleyae causa muerte regresiva en plántulas y pudrición de vainas en cacao. En plántulas y vainas, la incidencia de la enfermedad fue del 100 %, con la cepa LT2A teniendo una mayor severidad en vainas (353.85 ± 35.15 mm) en comparación con LT1A (135.15 ± 61.09 mm) a los 7 días después de la inoculación (prueba T de Student, P ≤ 0.05).