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Trabajos previos han demostrado las posibilidades de influir en el proceso de innovación en las organizaciones. Si bien las iniciativas presentadas tienen sus méritos, carecen de una perspectiva integral. Se centran en la evaluación de la relación entre el proceso de innovación y solo uno de los subsistemas de la administración, sin considerar las implicaciones de los demás. El objetivo de este artículo es definir un modelo de ecuaciones estructurales que resuma el impacto de las variables relacionadas con la gestión de la innovación en las organizaciones. Este artículo presenta primero las variables identificadas según la literatura analizada y luego muestra las variables seleccionadas mediante consulta a expertos en la materia. Para medir las variables seleccionadas, se elaboraron cuestionarios. Los cuestionarios se aplicaron en 111 entidades de diferentes sectores productivos. Se realizó un análisis factorial confirmatorio con las medidas obtenidas. Gracias a este análisis, fue posible verificar la incidencia de las variables evaluadas en la gestión de la innovación, lo que permitió la elaboración del modelo. El modelo propuesto muestra la relación entre las diferentes variables que contribuyen al proceso de gestión de la innovación. El análisis confirmó que la innovación, como constructo, tiene una naturaleza multifactorial. La información utilizada como insumo para la elaboración del modelo permitió introducir una nueva secuencia de gestión de la innovación a partir de la gestión integrada de las variables que pueden influir en ella. Esta gestión integrada garantiza una gestión eficaz de los recursos humanos, la producción y el marketing. Los hallazgos confirman que la innovación debe gestionarse de forma integrada con el resto de los subsistemas administrativos, y no como un proceso aislado. Esta forma de trabajar permite obtener mejores resultados para las organizaciones. Dada la naturaleza multisectorial de la muestra de investigación, se puede asumir que los resultados obtenidos pueden corroborarse en diversos ámbitos.